Birštonas minimas Kryžiuočių ordino kelių į Lietuvą aprašymuose XIV a. LDK laikais Birštone buvusi medžioklės pilis, prie kurios vėliau išaugo gyvenvietė. 1518 m. Birštonas jau pavadintas miestu.
Kronikose vardas rašomas: Birsten 1384, Birstan 1385. Tai rodo, jog dabartinė lytis Birštonas yra sena ir tiksli.
Vardo kilmė nevisiškai aiški. Galimos dvi vardo kilmės versijos. 1. Birštonas – tai priesagos –onas vedinys iš bendrinio žodžio biržtva „beržynas”: Biržtvonas, priebalsiui ž suduslėjus, pakito į Birštonas. Nors tokia vardo daryba iš principo nėra neįmanoma, bet daugiau panašiai sudarytų gyvenamųjų vietų vardų, rodos, nėra. Tai verčia suabejoti šia prielaida. Todėl įtikinamesnė yra antroji etimologija. 2. Miestelio vardas kilo iš asmenvardžio, dabar pavardės, Birštonas. Ši pavardė nėra dažna (6 šeimos), bet paplitusi ji daugiausia Suvalkijoje (Marijampolė, Liudvinavas, Vilkaviškis). Todėl kildinti miestelio vardą iš šios pavardės būtų rimto pamato. Gyvenamųjų vietų  vardų daryba iš vienaskaitos asmenvardžio lietuvių kalboje nėra labai populiari, bet pasitaiko: Sudargas – iš Sudargas, Kavarskas – iš Kavarskas, Musteika – iš Musteika ir kt.